為了適應新世紀科技發展的需要，深入貫徹落實新時期的辦院方針，進一步激勵科技工作者的創新精神，并鼓勵其矢志為人類科技事業做出重大貢獻的信念，中國科學院秉承國家科技獎勵制度的變革，結合國立科研機構的特點，于2002年設立了中國科學院杰出科技成就獎，2003年首次頒獎。

中國科學院杰出科技成就獎授予院屬單位在近五年內完成或顯示影響的重大成果的個人或集體，每兩年評選一次，每次授獎總數不超過10個，其中每個獲獎集體的突出貢獻者不超過3人。獲獎者由中國科學院院長簽署獎勵證書并頒發獎章或獎杯。