長期擁有上百個研究所的中國科學院，對中國科學進步有很大的貢獻。

但是，近十幾年的變化，特別是國內格局的變化和國際形勢的變化，科學院沒有預計到，更可惜沒有相應措施，基本按原軌道擴大，所以在兩個重要問題上，出現了模糊，甚至不能說現在科學院沒有面臨兩個難題。

一是定位：科學院是做什么的？

二是定格：科學院是什么水平？

這兩個問題，以前都不是問題，答案都非常清晰：

1）科學院是做科學研究的，以基礎科學為主，也做相當量的應用科學，有時參與國家一時最重大的需要（如兩彈一星）；

2）科學院的研究人員基本是中國科學最高水平。

現在這兩個問題的答案都模糊了，有人認為有爭議，有人認為可能走入了困境。

無論是民國時期，還是共和國前五十年，因為中國經費缺乏，科研經費主要集中于早先的中央研究院和后來的中國科學院。

民國時期，少數外國資助的機構研究條件遠優于中央研究院，因為那時中國的整體能夠投入科學的條件無法與國外集中投入中國個別機構的資助相比較，即使外國總體投入中國并不多。

2000年之前，無論是中國的高校，還是企業，科研普遍遠不如國家科研機構，也就是中國科學院。

1999年北大清華率先提出“建設世界一流大學”，科學院同時提出“知識創新計劃”，本質上一樣是救窮計劃，為了穩定一批年輕人，減少科學人才急劇大規模外流、緩解國內科學界青黃不接。

但中國經濟發展很快，到五年之后，這兩個計劃逐漸變成真正的發展和建設計劃。

這時，大學自然是繼續以基礎科學為主，數學、物理、化學、生物、計算機等等。而令人感嘆的是：同期科學院也繼續按原定位、走原軌道，只是爭取更多資源，擴大規模。

如果沒有中國大學的科學蓬勃發展，如果沒有美國對中國的卡脖子姿態，中國科學院按原軌道未嘗不可，繼續有大量的與高校學科完全重疊的“數學研究所”、“物理研究所”、化學研究所“、”生物物理研究所“、”植物研究所“等等。

但是，中國高等學校的發展使基礎科學的重心出現移動。

高等學校，自然是”數學系“、”化學系“等教學與研究相匹配的基礎系科為主。而一些工科院校也有很多應用研究。

國際上，美國對中國顯示的卡脖子姿態讓我國上下對前沿技術、應用研究有緊迫感。

我國因此成立了國家實驗室。

按國家領導公開宣布的定義”要打造大批一流科技領軍人才和創新團隊，發揮國家實驗室、國家科研機構、高水平研究型大學、科技領軍企業的國家隊作用“。

那么，國家實驗室是應用研究，高水平研究型大學是基礎研究，科技領軍企業是開發和應用。

這樣就出現了以上的第一個問題：國家科研機構（首當其沖的中國科學院）定位是什么？

可能就不是非常清楚。任何定位都與以上三方面重疊，只是與誰重疊的多。

如果過去十幾年，科學院意識到研究所與高等學校研究方向重疊，而當高等學校與科研機構重疊時，不可能是高等院校的系科改變定位和目標。

而如果科學院的研究所改變定位（例如變成”能源研究所“、”材料研究所“等等），就沒有必要成立國家實驗室。事實上這也是2003年左右科學院反對建立國家實驗室的主要理由：科學院就是國家實驗室。

但十幾年來，科學院繼續按原模式，主要是增加了資源、人員和體量。在國家有急切應用需求的時代，成立聚焦于前沿應用的國家實驗室，就”師出有名“。

中國科學院，本來還有一個方法：其研究人員和質量高于、遠高于高校。

從1950至2000基本事實是：中國科學院確實聚集了全國最高質量的研究力量。

但是，二十年來全國高校不斷努力，其研究力量顯著提高。

科學院已經不再有人才優勢。

在理科人才方面，有兩種人才：年資高的和年輕的。科學院在多個學科，都體量很大。例如其生命科學有十幾個研究所。一個研究所的規模一般大于高校的一個學院。所以，科學院輕輕松松就可以比高校的質量強。

但是，十幾年來，有些高校招聘高質量年資高的科學家方面非常努力，這些人又能挑選和支持優秀的年輕人。

因此，雖然科學院也招聘了很多年輕人才，但招聘年資高的非常少。

科學院從資源到體量本來都比高校更容易其招聘年資高的教授。

但科學院從院領導層到各所、以及主要教授和研究員，很少費力招聘高年資教授，有些甚至反感。

這樣一來，科學院的研究力量今天只是體量大于高校，但質量并不高于高校。如果說有些高校有些院系超過科學院的研究所，恐怕爭議并不一定很大。

所以，科學院失去了高質量的優勢，在國家科研力量的定位就更為模糊。

在國家實驗室成立初期，自然會吸收高校和科學院的人員，正如七十年前科學院吸收高校的頂尖科學家一樣。

科學院現在兩難：如果不讓自己的科研人員加入國家實驗室，顯得力量不夠。如果讓自己的人員加入國家實驗室，那么最好的人離開后，會弱化科學院。

所以，定位和定格，成為科學院目前的兩大難題。

化解這兩大難題，讓科學院目前集聚的科學力量，為中國發展發揮很好的作用，需要智慧和責任心。