在組織申報環(huán)節(jié)，面向優(yōu)青項目申請者的《項目指南》等引導(dǎo)性文件內(nèi)容較為簡單，未能結(jié)合科技自立自強新形勢新要求提出明確政策導(dǎo)向，不利于引導(dǎo)科研人員更加主動把世界科技前沿同國家重大戰(zhàn)略需求和經(jīng)濟社會發(fā)展目標(biāo)結(jié)合起來。

優(yōu)青項目評審專家最看中申請人以往的科研成就，對項目研究本身的創(chuàng)新性關(guān)注不夠，評審標(biāo)準(zhǔn)執(zhí)行還不夠有效；目前評審專家來源仍不夠廣泛；近年一些學(xué)科領(lǐng)域存在“打招呼”現(xiàn)象，為此自然科學(xué)基金委于近期開展專項整治，人才遴選評審的公平公正性還需進一步提升。

項目資金結(jié)余經(jīng)費普遍較多，資助標(biāo)準(zhǔn)與各學(xué)科科研實際需求存在一定偏差。

個別項目未按照任務(wù)書開展研究，研究成果與申請內(nèi)容存在較大差異，仍正常通過驗收，結(jié)題驗收等考核評價較為寬松，個別科學(xué)部僅要求《結(jié)題報告》就即可通過驗收，“重申請、輕實施”，質(zhì)量導(dǎo)向不夠突出，不利于充分保障項目實施成效。

有些科研單位視優(yōu)青項目為人才“帽子”，將是否獲優(yōu)青項目與職稱評聘、資源分配等直接掛鉤，不利于未獲項目資助的科研人員后續(xù)擁有平等從事科研工作的機會和公平競爭的環(huán)境。